Секретариат состоит из Генерального директора, назначаемого исполкомом с одобрения Генеральной Ассамблеи на четыре года работы, и сотрудников по назначению Генерального директора.

По своему характеру, обязанности генерального директора интернациональны, а задачи и ответственность определяются по согласованию с исполнительным комитетом или исполнительным советом, но не с центрами.

У МИТ есть отдел по связям в ЮНЕСКО в Париже (Франция). С 2015 руководство работой осуществляется из штаб-квартиры в Шанхае (Китай).