Le Secrétariat est composé d'un Directeur général nommé par le Conseil exécutif et approuvé par l'Assemblée générale pour une période renouvelable de quatre ans, ainsi que le personnel requis, nommé par le Directeur général.

Les fonctions du Directeur général sont internationales, les tâches et les responsabilités étant assignées et en coordination avec le Conseil exécutif ou le bureau d‘administration, et non par les Centres.

L'ITI dispose d'un bureau de liaison à l'UNESCO à Paris. Sa gestion est basée au siège de l'ITI à Shanghai en Chine depuis 2015.